بعد از رفتن ستارخان و باقرخان از تبريز، اوضاع آن گونه كه مخبرالسلطنه به مردم وعده داده بود نشد و او برخلاف قول و عقيده خود طريق استبداد پيش گرفت و خود را به مقررات اداري مقدم ميداشت (قيام آذربايجان و ستارخان، ص 563) در اين دوران زندهنام ثقةالاسلام تحت فشار و طعنه بسيار بود. مخالفان مشروطه او را محرك و همهكارة مشروطه ميدانستند و دموكراتهاي تندرو كه ثقةالاسلام از آنها انتقاد ميكرد، با او مخالفت و از او بدگويي ميكردند. (كسروي، ص 316) به علاوه متدينّان با دستاويز قرار دادن عقايد شيخياش او را طعن و بر ضد او شبنامه منتشر ميكردند. (علي ثقةالاسلام تبريزي، 1378 ش، صص 304 ـ 317) برخي عوام نيز از رفتار متجددانه او انتقاد ميكردند. (فتحي ـ ص 95) به رغم تمام اين مخالفتها شهيد ثقةالاسلام تلاش ميكرد تا مانع درگير شدن مردم با يكديگر شود. (علي ثقةالاسلام تبريزي، 1378 ش، صص 125 ـ 130) و براي اينكه مخبرالسلطنه را متوجه حساسيت منطقه و مسئوليت سنگين او سازد طي نامهاي دوباره به او مينويسد: «وضع آذربايجان را از دور شنيدهايد و در حقيقت دستي از دور بر آتش داريد، گرفتاري و پريشاني اهل شهر از مالك و تاجر و كسبه و نوكر باب محتاج به شرح و بيان نيست. خاطر محترم مسبوق است كه غالب نوكر كشوري و لشكري چشمشان به جزيي وظيفه بود كه هم معاشِ تمام اهل و عيال آنها منحصر به آن وجه بود. در عرض دو سال سابق بالمره دست خالي مانده و بابت سنه ماضيه اغلب برات نيز صادر نشده و همه سرگردان و مات و مبهوت هستند، اين حال دستي بگير است، اما حال دستي بده آنچه پارسال است هم محلات زير دست و پاي چپاولچيان و تاخت و تاز سوارههاي مختلف بود. از ماكو تا قافلانكوه طولاً و از قرهداغ تا ساوجبلاغ عرضاً جايي نمانده كه سم اسبي نرسد و گردش را به آسمان نرساند.
اردبيل و مشكين و خلخال… سراب، گرمرود… ساوجبلاغ… دچار كشاكشها و منازعات داخلي و خارجي است…
مقصود از عرض اين مقدمات اين است كه آذربايجان كليه محتاج به تضعيف و اعانت است و بايد اسباب آبادي آن فراهم آورد و از ممالك و رعيت دستگيري كه در تمام دهات كه حيله آبادي افتاده و دواب و اغنام و احشامشان به غارت رفته، لااقل بايد طوري بشود كه كاري به دست آرند و مشغول زراعت بشوند.
حضرتعالي كه مأمور آذربايجان شدهايد، خوب است كه تأملي در اين موارد فرموده و با احتياط كامله بر اطرف كار اقدامات شاياني فرماييد، كه اسباب نيكنامي ابدالدهر براي حضرتعالي فراهم آيد. مجملاً حالا وقتي است كه كمر همت بر ترضيه حال عباد و بلاد بسته، اين مشتي مخلوق فلكزدة خانهخراب را آسوده فرماييد. تكليف نوعخواهي و وطندوستي همين است كه عرض كردم و خدا را شكر ميكنم كه حضرتعالي كه در حقيقت از خيرخواهان مملكت و مقبولالقول و مسموعالكلمه و واقف بر درد و مطلع از دوا هستيد بر عمل ماليات مأمور شدهاند انشاءاللـه به اقتضاي ضرورت آنچه لازم است سعي خواهند فرمود… علي». (مجموعه آثار قلمي، صص 309 ـ 311)
مخبرالسلطنه نهتنها به نصيحتهاي مشفقانه، ثقةالاسلام اهميتي نداد بلكه در مقابل توطئه قتل ثقةالاسلام توسط حزب دموكرات، سكوت كرد. چون مخبرالسلطنه براي تشكيلات حزب دموكرات بسيار تلاش ميكرد اما از آنجايي كه جمعي از سران دموكرات با انگليسيها سر و سري داشتند،لذا شهيد ثقةالاسلام اعمال دموكراتها را نميپسنديد و آنها را به سختي تخطئه ميكرد و با اعمال افراطي آنها مخالف بود. با اوج گرفتن مخالفتهاي ثقةالاسلام با دموكراتها و نقش تأثيرگذار خطابههاي او در عدم اقبال مردم به حزب، سران دموكرات درصدد نابودي وي برآمدند و ابتدا ثقةالاسلام را هوادار روس خواندند و سپس رجب سرابي نامي را كه به دستور سران دموكرات در تهران مرحوم آيتاللـه بهبهاني را هم ترور كرده بود، مأمور قتل ثقةالاسلام كردند. اما از آنجايي كه تقدير خداوند اين بود كه اين روحاني اسلامخواه در مقتلگاه عاشورا به شهادت برسد رجب سرابي دست به اين جنايت نزد و جريان را خود شخصاً به ثقةالاسلام اطلاع داد و ماجرا ختم به خير شد. (زندگينامه ثقـةالاسلام، ص 503)
در واقع بايد گفت زندهنام ثقةالاسلام در عرصه سياست و اجتماع درايت و هوشمندي خاصي داشت و به اوضاع جامعه خود كاملاً واقف بود، لذا حضور حزب دموكرات را براي وحدت و استقلال كشور مضر ميدانست و مردم را از عضو شدن در آن نهي ميكرد. وی از آنجا كه هنوز جامعه ناآگاه ايران را آمادة پذيرش و تشكيل احزاب نميدانست خطاب به ديگر احزاب نيز كه هر روز چون قارچ سر از خاك بيرون ميآوردند ميگفت: «در كشوري كه مردم عموماً از حقوق و وظايف اجتماعي خويش بيخبرند و حتي سواد ندارند و محض ترس يا طمع يا از روي سادگي و خوشباوري به جمعيتهاي سياسي احزاب روي ميآورند، تشكيل حزب ملي امكانپذير نيست. حزب غيرملي هم مانند دمكراتها خود مانع و رادعي براي حقوق اجتماعي مردم ايجاد مينمايد و سبب تفرقه و اخلال ميشود». (زندگينامه ثقـةالاسلام، ص 505)