در جريان عدالتخواهي و مهاجرت علماي تهران به قم و تحصن آنها، ثقةالاسلام با ارسال تلگرامهايي به علما و مظفرالدينشاه، ضمن حمايت از خواستههاي مهاجران خواستار بازگرداندن آنها به تهران شد. (كسروي 1363 ش، صص 113 ـ 116)
مظفرالدينشاه كه از زمان وليعهدي در تبريز از نزديك با علماي شهر تبريز و به ويژه با ثقةالاسلام آشنا بود، در جواب نامه علماي آذربايجان، به محمدعليميرزا نوشت: «وليعهد، به جنابان مستطابان حاجيميرزا آقا مجتهد، آقاي امام جمعه، آقاي حاجميرزا محسنآقا، آقاميرزا صادقآقا، مجتهد و آقاي ثقـةالاسلام، الطاف ما را برسانيد، به همه التفات داريم و همي است كه به شفاعت و توسط شما استدعاي علماي آذربايجان را در معاودت دادن علماي تهران قبول فرموده مشيرالدوله، وزير امور خارجه را براي معاودت دادن آنها روانه كرديم…». (محمد ناظمالاسلام كرماني، تاريخ بيداري ايرانيان، ص 297)
اين جواب و قبول شفاعت مظفرالدينشاه در بازگرداندن علماي مهاجرت كبرا، از اهميت و موقعيت علماي آذربايجان حكايت ميكند.
هر چه حركت عدالتخواهي علما و مردم به پيش ميرفت، صفبنديها و اختلافنظرهاي اساسي بين نيروهاي حاضر بيشتر ميشد و اين تفكيك نيروها پيش از آنكه در تهران بروز كند در تبريز و آذربايجان به منصه ظهور رسيد.