زندهنام ثقهالاسلام در کار سیاست پختگی بسیار داشت و شخصاً مردی میانهرو بود و آزادی مطلق را هرگز نمیپسندید و عقل و علم را با هم درست میدانست، تسلیم شدن به عقاید عوام از نگاه او نادرست و بلکه خطرناک بود، به سبب صلحجوییاش گاه گروههای افراطی با او دشمنی میکردند (آدمیت، ص ۳۶۴) وقتی به عضویت در حزب «اتفاق و ترقی» دعوت شد در نامهای خطاب به آنها نوشت: «تند رفتن و شتابزدگی را موجب خسارت و زود خسته شدن و به منزل نرسیدن میدانم و کند کارکردن و به خواب رفتن را نیز مستوجب نرسیدن به مقصود». (منصوره اتحادیه، ص ۲۵) او تندروی کسانی چون تقیزاده را هم نمیپسندید و یک بار گفته بود این افراطها خانه رعیت و مالک را خراب خواهد کرد. (بهزاد طاهرزاده، ص ۴۵۱) همان طور که وی پیشبینی میکرد سرانجام تندرویها و پافشاری بر اندیشههای غربی و سنتستیزیها با محوریت سیدحسن تقیزاده و صحنهگردانی انجمن ایالتی آذربایجان که منجر به تبعید حاجمیرزاحسن آقا مجتهد تبریزی شده بود اوضاع اجتماعی شهر تبریز را طوفانی کرده بود و دوباره هرج و مرجها بر سر حقیقت مشروطه اوج گرفته بود.
در چنین شرایطی شهید ثقهالاسلام که به عواقب ناگوار این اختلافها بیش از همه واقف بود، برای بازگرداندن مجتهد به شهر بسیار تلاش کرد و نوشت: «امروز به هیچ وجه اختلاف کلمه به حال ملت مفید نیست». (زندگینامه ثقـهالاسلام، ص ۱۳۸)
اما تندرویهای مشروطهخواهان در تهیه و تدوین قانون اساسی بدون توجه به درخواست نمایندگان مجلس برای بازگرداندن مجتهد، سعی او را در خصوص مراجعت مجتهد بیاثر کرد. (مجموعه آثار قلمی، صص ۵۰ ـ ۵۱)
در این میان اقدامات افراطی برخی از مشروطهخواهان برای مبارزه با مخالفان به صورت مخفی و با انتشار شبنامهها و توهیننامهها علیه علما انجام میگرفت. به علاوه شیوه حذف فیزیکی آنها که از جریان سوسیال دمکراسی روسی الگوگرفته بود اوضاع جامعه را متشنجتر میکرد.
اگرچه شهید ثقهالاسلام در اعتراض به این افراطکاریها چندی گوشهنشینی اختیار کرد (علی ثقهالاسلام تبریزی، ۳۵۵ ش، صص ۲۵۰ ـ ۲۵۴) اما موقعیت وی به گونهای بود که هرگز نمیتوانست خود را مثل دیگران کنار بکشد، چون سنگینی تمام کارها بر دوش او بود. به علاوه از تهران نیز دائماً محل مراجعه بود و با تبعید مجتهد از تبریز، بیشتر علما و رجال جانب مشروطه را رها کرده بودند و تنها « ثقـهالاسلام» بود که در سنگر آزادی ماند و از جبهه آزادیخواهان و مجاهدان و روشنفکران، اصناف متجدد و مشروطهخواه دور نشد. (تاریخ ستارخان سردار ملی، حسین فرزاد، ص ۵۶)
البته به نظر میرسد مهمترین دلیل برای ترک گوشهنشینی و ادامه مبارزه، وجود آزادیخواهانی بود که «شریعت» را طرد کرده بودند و به رغم خواست اولیه توده، مردم که با پیشگامی علما و با عدالتخواهی اسلامی رواج و اوج گرفته بود، اینک با «شریعت» کاری نداشتند و سعی میکردند خود را از سلطه علما آزاد کنند و هر گامی را به پیروی از اروپا برمیداشتند و میگفتند «فلان چیز در اروپا هست ما نیز باید داشته باشیم».
در نامههای متعددی که از ثقهالاسلام باقی مانده است وی با اشاره به این تندروی مشروطهطلبان مینویسد:«جمعی از آزادیطلبان در خیال ترویج آزادی مطلق هستند ولو با استیلاء خارجه». (افشار، نامهها، ص ۵۵) وی بیآنکه از تحریکات داخلی و بیگانه تأثیر بگیرد در نهایت متانت مردم را با سودمندیهای حکومت ملی آشنا میکرد.
تندرویهای برخی مشروطهخواهان باعث شد علما و آزادیخواهان از هم جدا شوند اما اگر روحانی روشنبینی چون شهید ثقهالاسلام که آینده وخیم این جدایی نامبارک را به عینه میدید نیز خود را از صف مشروطهخواهان جدا میکرد چه بسا اوضاع انقلاب مشروطه کاملاً خالی از بنیانهای اسلامی میشد و قانون الهی نیز کاملاً متروک میشد. این مرد اگرچه جوش و گرمی بسیار در اواخر نشان نمیداد ولی در دلبستگی به پیشرفت کشور و توده مردم پایدار ماند. (کسروی، تاریخ مشروطه، ج ۱، ص ۲۴۸)
ابراهیم صفایی در جزوه «رهبران مشروطه» به این احساس مسئولیتِ شهید در حفظ شریعت اسلام اشاره کرده و مینویسد: « ثقهالاسلام به حکم، اسلام را دیانت اجتماعی و سیاسی میدانست و پیشوایان مذهبی را مسئول حفظ و حدود و حقوق مردم میانگاشت. پس از آغاز جنبش مشروطهخواهی در صف مشروطهخواهان درآمد و بدون آنکه تحت تأثیر تحریکات داخلی و خارجی قرار بگیرد مردم را به آثار حیاتبخش حکومت ملی آشنا میکرد و اساس حکومت مشروطه ملی را با فلسفه مفهوم حکومت در اسلام تطبیق مینمود و مردم را از افراط و تندروی برحذر میداشت». (زندگینامه شهید ثقـهالاسلام، ص ۱۴۶)