آیتالله میرزاعلی آقا ثقهالاسلام تبریزی، در شب جمعه هفتم ماه رجب سال ۱۲۷۷ قمری مطابق با سال ۱۲۳۹ شمسی در خاندان جلیلالقدر در تبریز متولد شد.
وی فرزند ارشد مرحوم حاجمیرزا موسی ثقهالاسلام از شخصیتهای متنفذ و روحانیون فعال و ضداستعماری و از جمله علمای طراز اول تبریز بود که در الغای قرارداد رژی و واقعه تحریم تنباکو سخت کوشید و در برانگیختن مردم تبریز علیه این قرارداد بسیار فعال بود. سیدعلی زیر نظر تربیت و مواظبت چنین پدری به تحصیل علوم شرعی در طریقه روحانیت کوشید. (دایرهالمعارف تشیّع، ج ۵، ص ۲۱۸؛ فتحی ص ۱۸)
از مجموعه مطالبی که درباره خاندان وی آمده است برمیآید که: خانواده ثقهالاسلام یا ثقـهالاسلامیهای تبریز خراسانیالاصل بودند و از دویست سال قبل در تبریز توطن اختیار کردهاند. (فتحی، ص ۱۰) به روایتی اجدادشان از مدینه منوره به خراسان رفته و از خراسان به تبریز آمده و از اواخر دوره صفویه تاکنون در آن شهر مستقر شدهاند. (زندگینامه شهید نیکنام ثقهالاسلام تبریزی، نصراللـه فتحی، ص ۳۰)
جدّ پنجمش میرزا محمد شفیع تبریزی، معاصر نادرشاه افشار بود و به پاس خدمتی که به او کرد مستوفی آذربایجان شد. از آن پس این خانواده برخی مناصب و مشاغل دیوانی و حکومتی را برعهده داشتند. (محمد ثقهالاسلام تبریزی، صص ۳ ـ ۴ ـ ۷۷؛ فتحی ـ صص ۱۵ ـ ۱۶)
این عالم مبارز و آزاده آذربایجانی در کودکی مادرش «تللیخانم» را از دست میدهد و با فوت مادر تألمات روحی بسیار میبیند. گویا خداوند میخواست که او از کودکی با رنج یتیمی و ناکامیهای دنیا آشنا شود تا در بزرگی در پیشامدهای خطیر زندگی صبورانه چوبه دار خود را بر دوش بکشد، اما در مقابل رضای خداوند و عظمت اسلام و استقلال وطن پایدار و سرافراز پای دار برود.
بیمهریهای زندگی با آمدن نوشآفرینخانم ملقب به «خانقزی» که قبلاً همسر برادر حاجمیرزا موسیآقا بود و بعد از فوت همسر ناگزیر به عقد برادرشوهر درمیآید، دردهای کودک محبتندیده از مادر را التیام میبخشد. (فتحی، ص ۲۲؛ آیتاللـه خسروشاهی ص ۲۴) سیدعلی برومند میشود و در میان خانواده پرجمعیت بیستو یک نفری خود با هوش و ذکاوت خاصی که دارد مورد توجه و تربیت ویژه پدر قرار میگیرد و از نوجوانی شروع به تحصیل میکند. بعد از گذراندن مقدمات اولیه سیدعلی نوجوان ادبیات و معانی و بیان را نزد فضلا و ادبای زادگاهش تبریز میآموزد و علوم اسلامی و اصول فقه را نزد جدش میخواند و خیلی زودتر از بقیه برادران و همسن و سالانش در اوایل عنفوان جوانی ازدواج میکند و به همراه همسرش برای ادامه تحصیل در سالهای پایانی قرن سیزدهم هجری به عتبات عالیات مشرف میشود. سیدعلی که اینک جوانی ادیب و ملبس به ردای مقدس روحانیت شده است در مدت نه سال اقامت و تحصیل در حوزههای علمیه عراق از محضر استادان بزرگ و علمای اعلام آن عصر چون مرحوم حاج شیخعلی یزدی بفروئی و آخوند ملاحسین اردکانی و مرحوم زینالعابدین مازندرانی که هر کدام از فقیهان نامدار عصر خود بودهاند استفاده میکند، و با طی کردن مراحل معارف الهی و توحید نزد جد امجد خود میرزاشفیع ثقـهالاسلام، با تکمیل تحصیلات و معلومات فراوان به مقام اجتهاد نایل میشود. مجتهد جوان در سال (۱۳۰۸ ق) پس از سالها غربت و اندوختن علم و دانش با سری پر از دانش و شور و ایمان به تبریز بازمیگردد و با نشر و بسط معارف الهی از بدو ورود خود رونقی تازه به حوزه علمیه میبخشد (سوانح عمری، میرزامحمد ثقهالاسلام ۱۳۴۰) و از آنجایی که در فن سخنوری توانا بود با ذهن صاف و منش آزادگی که در روح بلندش موج میزد در مساجد تبریز با نطق و موعظه در هدایت افکار و… گرهگشایی مشکلات و معضلات مردم بسیار تلاش میکند. (فتحی صص ۲۲ ـ ۲۳ ـ ۲۷ ـ ۲۸)
در رمضان سال ۱۳۱۹ قمری پدرش وفات میکند و لقب ثقهالاسلام به موجب فرمان مظفرالدینشاه که ارادتی خاص به ثقـهالاسلام داشت (نامههایی از تبریز، ص ۲۵۰) و به پیشنهاد ولیعهد محمدعلیمیرزا به پسرش «میرزاعلیآقا» داده میشود و او رسماً به جای پدر بر مسند روحانیت مینشیند و ریاست شیخیه تبریز را برعهده میگیرد. (فتحی، ص ۲۳؛ محمد ثقـهالاسلام، ص ۷۷)
حاصل ازدواج شهید ثقـهالاسلام سه پسر و چهار دختر است و حاصل تمام زندگیاش، نیکنامی و شهادت در راه دین و وطن. (محمد ثقهالاسلام تبریزی، شجرهنامه ص ۱۸۸، فتحی، ص ۹۱)