شاهرخ قرهیوسف را امر به اطاعت کرد. او از هنگامی که میرانشاه[۱] برادرش به دست سپاه قرهیوسف کشته شده بود، قصد انتقام داشت. در این هنگام در روز هشتم ذیقعده سال ۸۲۳، قرهیوسف در اردوی خود در اوجان درگذشت. جهانشاه پسر قرهیوسف در سلطانیه خبر مرگ پدر را شنید و سراسیمه از قلعه بیرون رفت. شاهرخ پس از شنیدن خبر مرگ قرهیوسف و فرار جهانشاه وارد سلطانیه شد و پسر خود میرزا بایسنقر را به تبریز فرستاد و خود از سلطانیه به اردبیل رفت و از راه مغان در هشتم ذیحجه از آب ارس گذشت و در قرهباغ اران به قشلاق پرداخت. میرزا بایسنقر در ۱۵ شهر ذیقعده به تبریز رسید و خطبه و سکه به نام شاهرخ کرد، شاهرخ در آن زمان در قرهباغ اران بود.
شاهرخ در اواخر ماه رجب سال ۸۲۴ با پسران قرهیوسف، (اسکندر و اسفندیار) جنگید و سپاه ترکمان در این جنگ منهزم شد، این فتح در اول شعبان سال ۸۲۴ رخ داد. در محرم سال ۸۳۲، شاهرخ به همراه پسرش بایسنقر[۲] به قصد جنگ امیر اسکندر پسر قرهیوسف از هرات حرکت کرد و در این جنگ اسکندر شکست خورد. شاهرخ زمستان را در قشلاق قرهباغ به سر برد، در دوم ربیعالثانی سال ۸۳۸، شاهرخ مجدداً به قصد جنگ با اسکندر ترکمان از هرات به طرف آذربایجان حرکت کرد. اسکندر پسر قرهیوسف با شنیدن خبر حرکت شاهرخ از آذربایجان بیرون رفت و جهانشاه پسر دیگر قرهیوسف، حضور شاهرخ آمد و اظهار اطاعت کرد. شاهرخ که در این هنگام در قرهباغ اران بود در سال ۸۳۹ از قرهباغ به سوی اوجان حرکت کرد و حکومت تمام آذربایجان را به امیر جهانشاه قرهقوینلو که اظهار اطاعت کرده بود، سپرد و در دوم ربیعالاخر سال ۸۴۰ پس از ۲ سال دوری از هرات به آن شهر بازگشت.
اسکندر برادر جهانشاه در جنگی که با برادرش جهانشاه کرد از او شکست خورد و اسکندر ناچار به قلعه النجق (در نزدیک نخجوان رفت) و در آنجا به وسیله پسر خود و کنیزش که با پسرش بود، کشته شد. این واقعه در سال ۸۴۱ رخ داد.» (همان: صفحه ۱۱۶۸، ۱۱۶۷، ۱۱۶۶، ۱۱۶۳، ۱۱۶۲، ۱۱۵۷، ۱۱۵۶، ۱۱۵۵)
۱ ـ میرانشاه برادر شاهرخ در ۲۶ ذیقعده سال ۸۱۰ در جنگی که بین او و قرهیوسف درگرفت به دست یکی از سپاهیان قرهیوسف کشته شد. در این جنگ برادر دیگر آنها، ابابکر نیز از صحنه جنگ فرار کرد و در جنگی که بین او و سلطان ایوس پسر ایدکویرلاس حاکم کرمان در چهاردهم رجب سال ۸۱۱ رخ داد، در حین جنگ زخمی برداشت و از آن زخم جان سپرد. (ن.ک به: میرخوند، پیشین، صص ۱۱۳۷ و ۱۱۳۸).
۱ ـ بایسنقر میرزا فرزند شاهرخمیرزا که به هوش، کیاست، شجاعت و دانشدوستی و هنرپروری موصوف بود در سال ۸۳۷ در هرات درگذشت.» (ن.ک به: همان، صص ۱۱۶۲و۱۱۶۳). از شاهزادگان خوشطبع و هنرمند و هنرپرور بود. در دربار وی چندان خوشنویس و نقاش و موسیقیدان و دیگر هنرمندان بوده است که در هیچ دورهای در میان امرای پیش از او آنمایه هنرمند نبوده و سرپرست جمله این هنرمندان با (میرزا جعفر تبریزی) خوشنویس معروف بوده است. بایسنقر در خطوط، اصول شاگرد «شمسالدین محمد» و در خط ثلث از خوشنویسان برجسته است و از آثار جاویدان وی کتیبه پیش طاق مسجد گوهرشاد میباشد در آستانه رضوی. (ن.ک به: مهدی بیانی، کارنامه بزرگان ایران، تهران، اداره کل انتشارات و رادیو، ۱۳۴۰، ص۳۶۹).