دوره دوم جنگهای ایران و روسیه میان سالهای ۱۲۴۱-۱۲۴۳ ق/ ۱۸۲۶- ۱۸۲۸م رخ داد و آن نیز با انعقاد قرارداد ترکمنچای به پایان رسید. با وقوع این جنگ روشن شد که انعقاد عهدنامه گلستان پایانِ مخاصماتِ میان ایران و روسیه نبوده و هنوز مشکلات سیاسی ـ اجتماعیِ چندی بر سرِ راه روابط عادی و صلحآمیزِ میان دو کشور وجود دارد.
طرز رفتار روسها پس از پیروزی بر ایران با خانهای مناطق تصرفشده که تا پیش از آن از یک استقلال نسبی برخوردار بودند و در ازای آن به پادشاهان ایران مالیات پرداخت مینمودند، کاملاً با شاهان ایرانی تفاوت داشت و آنان این اختیار را از خانها سلب نموده و حتی حقوق موروثی آنها را نیز که شامل حکومت موروثی در میان خاندانهای ایشان بود از آنان گرفتند که همین عوامل زمینههای نارضایتی میان خانها را فراهم نموده و آنان را نسبت به سیاست روسها بدگمان ساخت و به دنبال فرصتی برای رهایی از این وضع بودند. روسها در مجموع رفتار مناسبی با رعایا نیز نداشتند و ظلم و تعدی آنان به اهالی منطقه و دستاندازی و تعرض آنان به مال و نوامیس مردم نیز، که از سوی آنان به گوش علما رسیده بود، ساکنان آن نواحی را علیه روسها تهیج نمود.
افزون بر این، تعمد روسها در عدم اتخاذ تصمیمی قطعی برای تعیین مرزهای میان دو دولت به هنگام انعقاد عهدنامه گلستان، باب اختلاف میان دو کشور را باز نگاه داشته بود که همین نیز یکی دیگر از عوامل آغاز دور دوم پیکارها میان دو کشور شد (بینا، ۱۳۴۲، ج ۱، ص ۲۰۱).
خاوری شیرازی در این باره نوشته (۱۳۸۰، ج ۱، ص ۶۰۰) در عهدنامه که میان دو دولت ایران و روسیه بسته شده حدودِ جمیعِ ولایات به غیر از تالش معین گردیده، ولی جزئیات اراضی و صحاری و کل دهات را اسماً و رسماً به سبب عدم احتیاج قید ننمودهاند. در این چهارده سال که دوران صلح بوده، بیشتر اوقات معتمدین و مهندسین به نواحی مرزی میرفتند و دلایل و براهین درباره حدود مرزها با معتمدین روسیه میگفتند و جوابها میشنفتند (همانجا). از این نوشته به روشنی دانسته میشود که در تمام دوران به اصطلاح صلحِ میان دو کشور همواره بگو مگو بر سرِ حدود و مرزهای دو کشور میان اهالی وجود داشته است.
تا اینکه سال ۱۲۴۱ ق آغاز شد و در این سال میان دو دولت مکاتباتی رد و بدل شد تا از شدت و حدّت اختلافات کاسته شود. در شعبان همین سال شاهزاده منچیکوف به عنوان نماینده فوقالعاده دولت روسیه به دربار ایران آمد (بینا، همان، ص ۲۰۷). دلیل این امر نیز روشن بود. روسها به قصد رفع اختلافات مرزی میان دو کشور منچیکوف را روانه ایران نموده بودند و در کنار آن نیز قصد داشتند تا ایران را برای امضای معاهدهای علیه عثمانیها آماده نمایند (همانجا).
در این میان انگلیسیها که به مصداق «هرلحظه به شکلی بت عیّار درآید» مثل همیشه به دنبال منافع خود بودند برای تثبیت نفوذ سیاسی خود، ایران را تحریک نمودند تا علیه روسیه وارد جنگ شود و در این راه آنان از همه امکانات خود استفاده نمودند که نبود چهرههای ضد انگلیسی همانند میرزا بزرگ قائممقام که در سال ۱۲۳۷ ق درگذشته بود نیز کار آنان را راحتتر کرده بود. یعنی آنان بدون هیچ مخالفتی و یا مقاومتی از سویِ شخص یا اشخاصی که در برابر سیاست مزورانه آنها ایستادگی نماید موفق به پیشبرد برنامههای خود شدند.
البته نگرانیهای انگلیسیها تنها محدود به آمدن منچیکوف نبود و آنها از همان سالهای پس از انعقاد عهدنامه گلستان همواره از نزدیکشدن ایران و روسیه و بهویژه اتحاد آنان علیه دولت عثمانی بیم داشتند (کمبل، ۱۳۸۴، ج ۱، ص ۴۳۵).
سرانجام به دنبال یک رشته حوادثی که روی داد و از آن میان میتوان به تحریک عباسمیرزا و دربار توسط خانهای قفقاز که به آذربایجان ایران مهاجرت کرده بودند و نیز موضوع استفاده ایلات گرجستان از یگین زمین (سرزمین آفتاب رو) که از اراضی ایران بود و توسط حسین خان سردار عنوان شده بود، جرقه آغاز دومین دوره جنگهای ایران و روسیه زده شد.
پیشتر اشاره شد که ظلم و تعدی روسها به اهالی و نیز دستدرازی آنان به مال و نوامیس مردم به گوش علما رسید و آقا سید محمد اصفهانی که ساکن عتبات عالیات بود چون این موضوع را شنید در نامهای به دربار، جهاد با روسها را فرض دانست (سپهر، ۱۳۳۷، ج ۱، ص ۲۱۴).
در همین هنگام نیز دیگر علمای ساکن در ایران مانند: آقا سید محمد و حاجی ملا محمدجعفر استرآبادی، آقا سید نصرالله استرآبادی، حاجی سید محمدتقی قزوینی و سید عزیزالله طالش و تنی چند از دیگر علما به اردوگاه رسیدند و پس از آنان حاجی ملا احمد نراقی کاشانی روحانی عالیقدر و جلیلالشأن آن زمان به اتفاق حاجی ملا عبدالوهاب قزوینی و گروهی دیگر از علما به اردوگاه آمدند (همان، ص ۲۱۵). آنان به اتفاق فتوا دادند که اگر هرکس از جهاد با روسها سر باز زند از اطاعت پروردگار قادر سر باز زده و تابع شیطان رجیم گشته است (همان، ص ۲۱۶). به دنبال این فتوا سپاهیان ایران به سالاری عباس میرزا پیکار با روسها را آغاز نمودند.
در آغاز پیکارها ایرانیان توانستند بیشتر مناطقی را که به موجب عهدنامه گلستان از دست داده بودند و در تصرف روسها قرار داشت بازپس گیرند (خاوری شیرازی، ۱۳۸۰، ج ۱، ص ۶۱۸- ۶۱۹). این زمان روحیه سربازان ایرانی بسیار خوب بود و با تمام قوا در پیکارها شرکت میجستند و خود از عباس میرزا میخواستند که جنگ ادامه یابد. اما رفته رفته روسها به خود آمده و بر تهاجم خود افزودند و در جبهههایی که مواضع خود را از دست داده بودند بر اوضاع مسلط شده و نواحی ازدسترفته را دوباره به دست آوردند و بر پیشروی خود افزوده عزم تسخیر شهرهای آذربایجان را نمودند. آنان نخست قلعه ایروان را محاصره و بعد به تسخیرِ خود درآوردند (خاوری شیرازی، ۱۳۸۰، ج ۲، ص ۶۵۷) و سپس آهنگ شهر تبریز نمودند.
روسها بر سرِ راه خود در مرند به سبب خیانت حاکم آنجا نظر علیخان یکانلو به راحتی شهر را به چنگ آوردند و آنگاه عزم تبریز نمودند. مردم تبریز نیز بیهیچ مقاومت و در اثر حیله و تحریک جوانکی گمنام شهر را به روسها واگذار نموده و تسلیم شدند (همان، ص ۶۵۹).
عباس میرزا به هنگام سقوط شهر تبریز در قریه شندآباد بود که گروهی از سپاهیان او پس از شنیدن خبرِ سقوط تبریز از پیش او گریختند و خود عباس میرزا نیز به شهر ارومیه و یا سلماس رفت (سپهر، ۱۳۳۷، ج ۱، ص ۲۲۹).
بدینترتیب روسها دوباره چیره شدند و جنگ را به سود خود به پایان بردند. مداخله و وساطت انگلیسیها این بار نیز ایرانیان را به پای میز مذاکره کشاند و در سال ۱۲۴۳ ق/ ۱۸۲۸ م، عهدنامه ترکمانچای که جایگزین عهدنامه گلستان بود، میان ایران و روسیه منعقد گردید و بخشهای وسیعی از سرزمینهای ایران برای همیشه از پیکره خویش جدا و ضمیمه امپراتوری روسیه شد.