پس از توافقی که بعد از دو ماه مذاکره بین هیئت اعزامی حکومت فرقه دمکرات آذربایجان و دولت ایران به دستامد، در روز اول آذر شهر زنجان از قشون فرقه دمکرات تخلیه و طی صورتمجلسی، شهر و حومه آن تحویل نمایندگان رسمی دولت مرکزی شد.
روز نوزدهم آذر، قوام فرمان حرکت نیروهای دولتی را به سوی آذربایجان صادر کرد. همزمان با حرکت نیروهای ارتش ایران به سوی تبریز، مقامات سیاسی شوروی، رسماً به پیشهوری دستور ترک مقاومت نیروهای مسلح فرقه و فرار و پناهندگی سران و مسئولان درجه اول فرقه را به شوروی صادر کردند. نصرتالله جهانشاهلوی افشار، معاون پیشهوری، در خصوص این تقاضا یا به اصطلاح دقیقِ، دستور مقامات شوروی خاطرهای را نقل میکند که به روشنی ماهیت وابسته حکومت فرقه دمکرات را عیان میسازد. ایشان میگوید: «… سرهنگ قلیاف مأمور کا.گ.ب شورویها در تبریز، پیشهوری و من (جهانشاهلو) و کاویان (وزیر جنگ حکومت فرقه دمکرات آذربایجان) را به دفتر خود خواست، ما تعجب کردیم زیرا وی در حدی نبود که ما را به حضور بخواند، همیشه به دیدار ما میآمد؛ ناچار من و پیشهوری رفتیم و کاویان نیامد. وقتی به اتاقش وارد شدیم به سردی با ما برخورد کرد، بدون مقدمه گفت: شما (یعنی پیشهوری و من و سایر رهبران فرقه) امروز تا ساعت ۸ باید تبریز را ترک کنید؛ پیشهوری عصبانی شد و با تندی گفت: کجا برویم، اینجا وطن ماست، تو در آن حد نیستی که به ما این تکلیف را بکنی! قلیاف بلافاصله بلند شد و در را باز کرد و دم در ایستاد و به زبان ترکی گفت: «سنی گتیرن سنه دِیرِ گِت» یعنی آورنده تو به تو میگوید برو. ما ناچار همان روز تبریز را به سوی مرز ترک کردیم» (انزلی، ۱۳۸۴: ۶۰۷-۶۰۸).
به این ترتیب قبل از ورود ارتش ایران به تبریز، پیشهوری همراه برخی دیگر از سران حکومت فرقه، تبریز را ترک کردند و به شوروی گریختند. ارتش از سه سمت به طرف آذربایجان حرکت کرده بود. ستون اول از راه زنجان به طرف میانه، ستون دوم از محور تکاب ـ شاهیندژ و میاندوآب و ستون سوم از رشت به طرف آستارا.
از روز ۱۷ آذر هواپیماهای ارتش، پروازهای اکتشافی روی سنگرهای قافلانکوه را آغاز کرده بودند و در همان روز و روز بعد ارتش اعلامیههایی را بر فراز تبریز پخش نمود.
فرماندهان فدائیان فرقه دمکرات به سرعت تمام از میانه عقبنشینی کردند و وقتی به تبریز رسیدند و با اوضاع درهم ریخته این شهر مواجه گردیدند.
در روزی که پیشهوری ناچار به ترک ایران شده بود، محمد بیریا به سمت دبیرکل کمیته مرکزی فرقه دمکرات انتخاب گردید. او بلافاصله به اتفاق دکتر جاوید (وزیر کشور حکومت فرقه دمکرات) جلسهای را در مقابل کمیته مرکزی فرقه دمکرات تشکیل داد و موافقت فرقه را با ورود نیروهای تأمینیه دولتی به آذربایجان اعلام کرد (نیکبخت، پیشین: ۴۶۱).
فرمان عقبنشینی و ترک مخاصمه به طور مرتب از رادیو پخش میگردید. در روز ۲۱/۹/۱۳۲۵ محمد بیریا اعلامیهای از طرف کمیته مرکزی فرقه دمکرات آذربایجان صادر و از مردم درخواست نمود خونسردی خود را حفظ و از بروز هرگونه ناامنی جداً جلوگیری نمایند (همان).
سرانجام روز بیستودوم آذر نیروهای رسمی و نظامی دولتی وارد شهر تبریز شدند و به این ترتیب حکومت فرقه دمکرات آذربایجان سقوط کرد.