قبل از دایر شدن جنبش مشروطه، شهید ثقهالاسلام علاوه بر اجرای وظایف دینی، در اصلاح جامعه و رفع اختلافات موجود در کشور بسیار کوشا بود و از آنجا که بعد از وفات پدرش، تکیهگاه مورد اعتماد مردم شده بود سعی میکرد مسائل پیش آمده مردم را به نیکی حل و فصل کند. در اواخر سلطنت محمدشاه و اوایل سلطنت ناصرالدینشاه قاجار بین دو گروه شیخیه و متشرعه نزاع فراوان اتفاق میافتاد و هرازگاهی خونریزیهایی نیز رخ میداد.
در آن دوران اختلاف بین شیخی و متشرعه مسئله پیچیدهای و حل نشده بود.
برای این که وخامت این اوضاع را به خوبی دریابیم به نوشتهای از کسروی در این رابطه استناد میکنیم:
«براثر دو تیرگی شیخی و متشرع در تبریز جنگ و خونریزی پیش آمده و تا دیرگاهی مردم ایمنی نداشتهاند، هنوز مسجدی در تبریز «قانلو مسجد» (مسجد خونین) نامیده میشود و چنین میگویند که در آنجا به نام دو تیره مزبور خونریزی رخ داده از طرف پیروان حاجکریمخان کرمانی نیز بدین دو دسته افزوده شده و قبل از مشروطه این سه دسته جدا از هم زیستندی به خانه یکدیگر آمد و رفت نکردندی و دختر از یکدیگر نگرفتندی و مسجدهاشان جدا بودی و هر سال در رمضان بالای منبرها گفتگوهای کیشی و بدگویی از همدیگر را به میان آوردندی». (احمد کسروی، تاریخ مشروطه؛ آران، ج، ۱/۱۳۲)
جواد علمداری از معمرین مشروطه در این مورد مینویسد: هرگاه شیخی اجباراً به منزل متشرع میرفت یا برعکس، استکان چای همدیگر را کنار گذاشته تطهیر شرعی مینمودند و حتی کار متشرعه به جایی رسیده بود که نسبت به معتقدین شیخیه تهمت خلاف طبیعت و خلقت میزدند و به همان جهت به حمامهای یکدیگر نمیرفتند (فتحی، صص ۱۳۵۲ ـ ۴۱) ثقهالاسلام برای این که بین این دو گروه اتحاد و همدلی ایجاد کند بارها در خطابههایش به مردم تذکر میداد که: «شیخی و متشرع در نظر من یکسان است».
بیشک اظهارات عالمانه و روشنفکرانه ثقهالاسلام در پایان دادن به این دعواهای مذهبی بسیار مؤثر واقع شده بود، به طوری که با شروع جنبش مشروطه ستارخان شیخی با باقرخان متشرع دوش به دوش در یک سنگر قرار گرفتند. چنانکه وقتی برای دوره اول مجلس قرار بود دو نفر نماینده از طرف علمای آذربایجان انتخاب شوند متشرعه که اکثریت داشتند حاضر به گذشت شدند و انتخاب یک نفر را به شیخیه واگذار کردند و هنگامی که انجمن ایالتی میرزاحسن مجتهد متشرعه را مجبور به ترک تبریز کردند، زندهنام ثقهالاسلام نیز مانند سایر علمای متشرعه جهت اعتراض شهر را ترک گفت و اختلافهای قدیم شیخی و متشرع را از بین برد. (نامههای تبریز، صص ۳۱ ـ ۳۰)
کسروی در این رابطه مینویسد:«[وقتی] مشروطهخواهی به میان آمد، دشمنی سنی و شیعی و کینههای شیخی و متشرع و کریمخانی از میان رفت.
گرچه دشمنی میان شیخیه و سایرین، گاه به نزاعهای طولانی و خونین منجر میشد اما ثقهالاسلام معتقد بود که این گونه اختلافها، اختلاف مشرب است نه مذهب و باید ضمن حفظ حرمت علما، از برخوردهای نابجا جلوگیری کرد، (کسروی ۱۳۶۳ ش، ص ۱۳۳٫ علی ثقهالاسلام تبریزی ص ۳۳) وی همواره برای کاهش شدت اختلافها به مردم تذکر میداد که از مطالب تعصبآمیز و القای نکات اختلافبرانگیز پرهیز کنند. (کسروی، ۱۳۵۵ ش، ص ۳۱۴)
ثقـهالاسلام به راستی یک روحانی ژرفاندیش و مصلحِ میانهرو بود. وی علیرغم این که مانند نیاکان خود شیخی مسلک بود و با علمای دیگر آذربایجان از این حیث اختلاف مسلک داشت، اما هیچگاه در این موضع متعصب نبود و مصالح و منافع امت اسلامی را در نظر میگرفت.
سرانجام ثقهالاسلام نزاع و دشمنی طولانی بین دو گروه شیخیه و متشرعه را با متوجه ساختن آنها به اصل اتحاد و همبستگی دینی با درایت پایان داد و چنان آنها را به هم نزدیک کرد که تا امروز این اختلافات مشربی در اذهان عموم مردم تبریز حل و فصل شده و از یادها رفته است.