با آنکه مشروطه به پیروزی رسیده بود اما هنوز دوران بحران و استبدادِ قبل از مشروطه در زندگی مردم ادامه داشت، قانون حکمفرما نشده و تر و خشک با هم میسوخت. هرج و مرج و آشوب، در تبریز چنان بالا گرفته بود که افراد جاهل و فرصتطلب عرصه را بر مردم تنگ کرده بودند. به علاوه خودمحوریهای برخی از اعضای انجمن نیز در تشدید بدبینی به اصل انقلاب بیشتر شده بود. ثقهالاسلام در نامهای که در هشتم ذیحجه به برادرش در عتبات نوشته است با اشاره به این اوضاع اسفناک مینویسد: «وضع من وضع چند ماه قبل است. اراذل و اوباش به قسمی هرزهکاری کردند که همه را متفرق ساختند. از آدمکشی و سلب اموال و اتلاف عِرض، ابداً فروگذار نکردند … من از دور و نزدیک از امر به معروف و نهی از منکر مضایقه نکردم و چنان که کراراً به شما نوشتهام، از رفتن به انجمن پا کشیدم و خود را از مسئولیت عامه معاف داشتهام و این مقدمات بعد از آن بود که مخصوصاً به منبر رفته و به مردم آنچه لازم بود گفتم از تهدید و وعید و تسلط خارجه و غیره، هر چه گفتم به گوش احدی فرو نرفت!! کار نباید طوری بشود که مردم به استبداد قدیم رحمت ببرند…». (زندگینامه ثقـهالاسلام، ص ۲۶۵)
در کتاب رهبران مشروطه آمده است: «ثقـهالاسلام که از عاقبت این خودسریهای بیمورد و بینقشه نگران بود در خانه خود رفت و از همکاری با سران انجمن خودداری نمود. بدین مناسبت او را متهم به سازش پنهانی با دولت کردند ولی حسن شهرت و نفوذ معنوی او چندان بود که هم دولت و هم مردم برای اصلاح ذاتالبین به او متوسل میشدند».
اگرچه ثقهالاسلام از آزادیخواهان و عملکرد آنها در قبال تودههای مردم انتقاد میکرد اما اگر به نامهها و یادداشتهای او دقت کنیم میبینیم که وی تا واپسین لحظههای عمرش به اصل انقلاب و مشروطه اعتقاد داشت و مخالفت وی تنها به خاطر انحرافی بود که در ارکان مشروطیت پدید آمده بود. وی حتی در مقابل تهمت و تهدید برخی از افراطگران منزوی نشد و دست از حمایت و مبارزه برنداشت.
ثقـهالاسلام در یکی از نامههای خود به برادرش این اغتشاشها و اختلافها را نتیجه عمل مردمان جاهل و بلهوس و لاابالی میداند و قتل نفس و هرگونه بینظمی را قبیح دانسته و مینویسد: «باید مظالم را محدود کرد و مردم را رام نمود و شریعت را محکم گرفت و دفع مانع نمود… من حریف این قسم کارها و حلیف این قسم بیعارها نیستم، هر وقت اصلاح امور شد باز من حاضرم و خود پی اصلاح هستم… تا خدا چه خواهد؟…». (زندگینامه ثقهالاسلام ، صص ۱۵ ـ ۱۶)
شهید ثقهالاسلام در نامههایش، در سرزنشها و ملامتگریها و پندآموزیها، روی سخنش هم با مستبدان و هم با مشروطهطلبان است و در همه حال از تفرقه و ایجاد شکاف منزجر میباشد و در دفاع از آزادی و حقوق تودههای مستضعف در برابر استبداد و استکبار موضع فکری مشخصی دارد. وی در یکی از تلگرافهای خود به تهران با اشاره به شخصیت خود مینویسد: «بنده شخصی هستم آزاده، افتاده در جَهر و خفا، کارم اصلاحجویی بوده و این روز را از اول دیده و خود را از همه آشوبها کنار گرفته و تمام قوای خود را برای همچو روزی ذخیره کردم که در موقع ضرورت از گوشه انزوا برآمده بتواند با قوه بیغرضی عرایض خود را برساند، بحمداللـه رویی سفید دارم و دامن بیآلایش، نه حکم به قتال کردهام و نه امر به غارت، نه خیانت به دولت کردهام و نه از نصح ملت دست برداشتهام… غمخوار مملکتم و خیرخواه دولت و ملت…». (صفایی، رهبران مشروطه، ص ۴)
محبوبیت ثقهالاسلام در میان مردم چنان زبانزد مشروطهخواهان شده بود که در این اوضاع آشفته، در پی افزایش فشار انجمن تبریز به تهران، برای تهیه هر چه سریعتر قانون اساسی و امضای آن در ربیعالاول و ربیعالاخر ۱۳۲۵، نمایندگان مجلس شورای ملی از ثقهالاسلام تقاضا کردند مردم را ساکت نماید تا آنان بتوانند با دقت بیشتر قانون اساسی را تهیه کنند. (علی ثقهالاسلام تبریزی، صص ۱۹۱ ـ ۱۹۳؛ فتحی، ص ۱۶۸)
از آثار به جا مانده از این شهید متفکر درمییابیم که وی سنگ صبور نهضت مشروطه در آذربایجان و مصلح صلحجویی بود که با تدبیر و حوصله سعی میکرد اختلافهای بسیاری را که یکی پس از دیگری به نام و بهانه جدید به وجود میآمد و عرصه را برای کشت و کشتار و خونریزی و نفاق آماده میساخت جلوگیری کند و با تدابیر عاقلانه خود سعی میکرد مسیر مشروطه را از انحراف نجات بدهد.