با وجود دلبستگی زندهنام ثقهالاسلام به مشروطه، وی از منتقدان جدی آن نیز به شمار میرفت و کتابچهای درباره خیانتهای مشروطهطلبان نوشت (علی ثقهالاسلام تبریزی، ۱۳۵۵ ش، صص ۲۴۷ آ ۲۵۴؛ کسروی، ص ۲۱۶) رفتارهای خام و نسنجیده و افراطکاریهای برخی از مشروطهخواهان در تدوین قانون اسلامی باعث شد که حاجیمیرزا حسن مجتهد و برخی از نمایندگان انجمن ایالتی که از حامیان مشروطه بودند، علناً با مشروطه مخالفت کنند و سرانجام با تحریک عوامالناس حاجمیرزاحسن آقا مجتهد تبریزی را از شهر تبعید کنند.
علمای آذربایجان در این مقطع نهتنها تدوین قانون اساسی را ضروری نمیدانستند بلکه خواهان اجرای قانون الهی بودند که متروک مانده بود.
در واقع روشنفکران مشروطهخواه با سنتستیزی و توهین و افترا به دین و مذهب مردم، رفته رفته در میان مبارزان و هواخواهان مشروطه اختلاف و دودستگی انداختند به گونهای که بسیاری از مردم و روحانیون در مراحل بعدی پیشرفت انقلاب مشروطه، به کلی از ادامه مبارزه و حمایت از مشروطه دلزده و ناامید شدند. زیرا این حرکت در نظر علما و مردم، جنبشی اسلامی و مذهبی بود که در ابتدا براساس اندیشه عدالتخواهی دینی شکل گرفته بود و حال بعد از پیروزی نهضت، عدهای از مشروطهخواهان که تحت تأثیر اندیشههای سوسیال دمکراسی قفقازیه و روسیه بودند و مشروطیت با مذهب و به تبع آن متولیان مذهب تباین ذاتی داشت با بهانه آزادی درصدد تخریب دین و هویت اسلامی مردم بودند.
زندهنام ثقهالاسلام که از ابتدای این حرکت آزادیخواهانه تمام حرکات مشروطهخواهان را مدنظر قرار داده و به دقت نظارهگر قضایا بود با انتقاد از این حرکات نسنجیده و خیانتکارانه مینویسد: «حقیقتاً کاری که آقایان پیش گرفتهاند بسیار بد است و کارهای خلاف شرع خیلی اتفاق میافتد، اگرچه راجع به مشروطیت نیست ولی مردم منزجر هستند و جای ایراد و نکتهگیری است». (فتحی، مجموعه آثار قلمی شادروان ثقهالاسلام تبریزی ، صص ۲۰۶ ـ ۲۰۷)
در واقع میان آنچه علمای ایران و در رأس آنان آیتالله نائینی (تولد ۱۲۶۷ ق) از کارکرد قانون اساسی قصد کردند با آنچه در یک نظام مشروطه غربی محقق است، تفاوت بنیادین وجود داشت. در نظر وی قانون اساسی به رسالهای میماند که در چارچوب احکام شریعت قانون مربوط به اداره دینمدارانه جامعه را دربرمیگیرد. (اندیشه سیاسی شیخ فضلالله نوری، ص ۲۶) استدلال علمای آذربایجان در مقابل این اقدام، در آثار ثقهالاسلام نیز انعکاس یافته است: … این است حال شریعت اسلامیه که ما مسلمان آن را قانون الهی میدانیم و کتابش را کتاب آسمانی میدانیم و غالب احکام سیاسیه و معاملات آن با قوانین خارجه مطابق و عقل نیز، صحت آن را درک میکند، پس چگونه خواهد بود حال قانونی که به اتفاق جمعی آن را جمع کردهاند و بالبداهه آنچه موافق صرفه است مقبول بود، مابقی مبتذل خواهند ماند و شاید روزی برسد که فقط اسمی از آن بماند و همان استبداد هزارساله را در شکل اولیه خود ادامه یابد. (مجموعه آثار قلمی، ص ۴۰۵) ثقهالاسلام تبریزی فرجام این گونه مشروطهخواهی را تداوم استبداد هزارساله پیشبینی میکند، همان گونه که رضاخان میرپنج آن را به عینیت رسانید. (مقاله ثقهالاسلام شهید و مشروطیت، رحیم نیکبخت، مجله آموزه ص ۳۱۹)
از خلال نامههای برجایمانده از ثقهالاسلام میتوان به نمونههای بسیاری از این اختلافهای اصولی مشروطهخواهان اسلامی و مشروطهخواهان طرفدار اندیشههای غربی اشاره کرد، ازجمله در نامهای که در سیزدهم رمضان سال ۱۳۲۴ به برادرش نوشته با تأسف از بروز این وقایع مینویسد: «روز ۱۲ رمضان اعلان منحوسی از انجمن [انجمن ایالتی آذربایجان] به دیوار چسباندهاند. حاصل اینکه، تا کی در مذاهب قدیمه خواهید بود و حرفهای کهنه خواهید شنید و تا کی به مجلس و مسجد علما خواهید رفت…» (نصرتاللـه فتحی، زندگینامه شهید نیکنام ثقهالاسلام تبریزی، صص ۱۱۵ ـ ۱۶۶)
دینستیزی مشروطهخواهان به این موارد ختم نمیشود، وی در جای دیگر مینویسد:« آقایان [مشروطهخواه] اختراعی کرده گفتند روز قربان مردم قربانی نکنند پول آن را به فقرا بدهند و در اولش مدایح نخوانند و در وصف انجمن بخوانند، اسباب های و هوی شد».
ثقـهالاسلام با هوشیاری و درایت اسلامی نتیجه عملکرد این گروه را چنین پیشبینی میکند: «… که هر دو در حقیقت اقدام و مقدمه بر ترک شریعت است». (مجموعه آثار قلمی شادروان ثقهالاسلام تبریزی، نصرتاللـه فتحی ، ص ۱۸۷)
سنتستیزیها و اقدامات نسنجیده مشروطهخواهان چنان دل شهید ثقهالاسلام را به درد میآورد که در یکی از نامههایش مینویسد:
«… خدا نیامرزد قاتلین مشروطه را که از روز اول تیغ کین کشیدند و این بیچاره را کشتند، بنده خیانتهای مشروطهطلبان را کتابچه کرده و نوشتهام، اگر وقتی حوصله بشود که چاپ شود خالی از فایده نیست؛ اما فایدهاش چیست؟!» (نامههای تبریز از ثقهالاسلام به متشارالدوله، ایرج افشار، ص ۳۴۳)
همانطور که شهید اندیشمند ثقهالاسلام تذکر میداد عاقبت دینستیزیها و خیانتهای مشروطهطلبان باعث شد اغلب روحانیان و قشرهای مختلف مردم ایران به چند دسته تقسیم شوند و این جدایی تا پایان استبداد صغیر و خلع ید محمدعلیشاه از سلطنت و روی کار آمدن احمدشاه و حوادث بعدی، پیامدهای ناگواری برای ملت ایران به وجود آورد.
اگرچه آغاز جنبش جریان عدالتخواهی بود اما رفتهرفته جریان مشروطهخواه که از سوسیال دمکراسی متأثر بود، صحنه را از علما گرفت و آنان در مقابل این پدیده سه خطمشی اتخاذ کردند: گروهی چون آیتالله انگجی، آیتالله میرزاصادقآقا و برخی دیگر، از دخالت در قضایا بیطرفی اختیار کردند و از مداخله در امور اجتناب نمودند. گروهی دیگر چون میرزاحسن مجتهد و میرهاشم دوهچی، انجمن اسلامیه تشکیل دادند و به مقابله مسلحانه با مشروطه پرداختند. در میان این دو گروه تنها شخصیت منحصر به فردی که صبورانه میکوشید مواضع تند و افراطی موافقان و مخالفان مشروطه را در چارچوب عقل و شرع تعدیل کند شهید ثقهالاسلام بود که مصالح و منافع ایران و آذربایجان را مدنظر داشت. به عبارت دیگر بعضی علما و طبقات مردم چون ردپای اجانب و حمایت عناصر بدنام و نامطلوب را در مشروطه آشکار میدیدند- که به دین مبین اسلام و روحانیت که پایهگذار مشروطیت بودند اهانت میکردند- از ادامه حمایت از مشروطه دست کشیدند. باید گفت بسیاری از نویسندگان تاریخ مشروطه، این گرو را بدخواه ملت دانستهاند در حالی که اگر با انصاف و عدالت به دلیل مخالفت آنها بنگریم باید بگویم که نویسندگان مشروطه نگفتهاند که کار مشروطه به کجا کشیده بود؟!