با وجود پیروزی مشروطه، هنوز اوضاع و احوال کشور به حالت عادی برنگشته بود و قضیه انتخاباتِ وکلای دوره اول مجلس نیز جنب و جوشی دیگر در شهرهای مهم به ویژه تهران و تبریز به وجود آورده بود.
اگرچه در دوره اول مجلس شورای ملی به هنگام رأیگیری برای انتخاب نمایندگان، ثقهالاسلام بیشترین رأی را در میان علما به دست آورد (مجلس ملی، جرید ملی، ش ۸، ص ۱) و به نمایندگی و هم به عنوان نماینده انجمن تبریز انتخاب گردید اما هیچ کدام را نپذیرفت و نماینده دیگری به تهران فرستاده شد. (جورابچی، ص ۴۱؛ مجلس ملی، جراید ملی، ش ۱۹، ص ۱) وی در جواب اصرار اکثریت آراء برای قبول نمایندگی در «مجملالحوادث» مینویسد: «… من صریح گفتم، آقایان هم بشنوید، من نخواهم رفت، اسم مرا عبث ننویسید».
البته قبول نکردن و امتناع از نمایندگی مجلس دلیلِ کنارهگیری و بیتفاوتی وی به انقلاب مشروطه نیست، چون در تمام آن روزهای سرنوشتساز وکلای آذربایجان دایماً با وی در تماس بودند و کارهای خود و مجلس و آنچه را در عالم سیاست میگذشت،دقیقاً به اطلاع او میرساندند. با انتخاب نمایندگان و رفتن آنها در ۲۳ ذیقعده به تهران، خبر درگذشت مظفرالدینشاه و جلوس محمدعلیشاه در ۱۳۲۴ ذیقعده به گوش تبریزیان رسید و آنها با آنکه وکلای آذربایجان را به تهران فرستاده بودند اما در برابر محمدعلیشاه ـ که تبریزیها او را دشمن درجه یک مشروطه میدانستند ـ حریفی پرزور و کارآمد چون ثقهالاسلام میخواستند لذا از وی خواستند تا به عنوان پشتوانه روانه تهران شود.