پس از صدور فرمان مشروطيت در چهاردهم جماديالثاني (1324 ق) از همان آغازين روزهاي پيروزي جنبش، زندهنام شهيد ثقةالاسلام كه در كار سياست پختگي بسيار داشت از تندروي پرهيز ميكرد و بيآنكه از تحريكات داخلي و بيگانه تأثير بگيرد در نهايت متانت، مردم را با سودمنديهاي حكومت ملي آشنا ميكرد و عقيده داشت كه «اقدامات حاد و ناسنجيده در جامعه عوام اختيار را از دست رهبران قوم ميگيرد و به دست توده عامي ميسپارد و آن وقت نتيجة كار وارونه ميشود». برخي خواهان گشايش مجلس در غير از روز نيمه شعبان بودند كه اين روز تحتالشعاع مراسم جشن ولادت امامزمان(عج) قرار نگيرد. (اسماعيل رضواني، انقلاب مشروطيت، ص 127)
با تأسيس «انجمن ايالتي آذربايجان» كه محفل آزاديخواهان بود ثقةالاسلام از حاميان و فعالان اين انجمن و از نويسندگان روزنامه انجمن شد. (رفيعي، ص 91) حضور وي در انجمن ايالتي در مقابل انجمن اسلاميه كه محفل علماي مخالف مشروطه بود، پشتوانهاي براي مشروطهخواهان بود. (رحيمزاده، ضميري، ص 33) البته همكاريهاي وي در روزهاي نخستين جنبش مشروطه تنها رهنمود دادن در زمينههاي شرعي بوده و پرداختن به مسايل سياسي را به سياستمداران واگذارده بود، اما با بروز دودستگي و اختلاف در ميان مردم و تقسيم آنها به دستههايي چون مستبد و مشروطهخواه، شهيد ثقةالاسلام به قصد برداشتن اين چنددستگيها باري ديگر در سياست دخالت كرد و كوشيد تا كارها را به اصلاح آورد…
وي كه به درستي ميدانست سررشته همه اين نفاقها در دست بيگانگان است با بردباري و متانت ميكوشيد تا چشم مردم را به حقايق باز كند و آنها را براي ايستادن در برابر بيگانگان متحد سازد.
وي خود ميگفت: «من با آن همه عقيدهاي كه بعضي مردم در حق بنده دارند صريح عرض ميكنم كه دولت و ملت در قيد اسارت خارجه خواهند رفت، مرا اين درد ميكشد و احدي بر من رحم نميكند، آخر مسلمانان چرا تغافل از عاقبت كار خود داريد؟». (دايرةالمعارف تشيع، ج 5، صص 218 ـ 219)