پس از صدور فرمان مشروطیت در چهاردهم جمادیالثانی (۱۳۲۴ ق) از همان آغازین روزهای پیروزی جنبش، زندهنام شهید ثقهالاسلام که در کار سیاست پختگی بسیار داشت از تندروی پرهیز میکرد و بیآنکه از تحریکات داخلی و بیگانه تأثیر بگیرد در نهایت متانت، مردم را با سودمندیهای حکومت ملی آشنا میکرد و عقیده داشت که «اقدامات حاد و ناسنجیده در جامعه عوام اختیار را از دست رهبران قوم میگیرد و به دست توده عامی میسپارد و آن وقت نتیجه کار وارونه میشود». برخی خواهان گشایش مجلس در غیر از روز نیمه شعبان بودند که این روز تحتالشعاع مراسم جشن ولادت امامزمان(عج) قرار نگیرد. (اسماعیل رضوانی، انقلاب مشروطیت، ص ۱۲۷)
با تأسیس «انجمن ایالتی آذربایجان» که محفل آزادیخواهان بود ثقهالاسلام از حامیان و فعالان این انجمن و از نویسندگان روزنامه انجمن شد. (رفیعی، ص ۹۱) حضور وی در انجمن ایالتی در مقابل انجمن اسلامیه که محفل علمای مخالف مشروطه بود، پشتوانهای برای مشروطهخواهان بود. (رحیمزاده، ضمیری، ص ۳۳) البته همکاریهای وی در روزهای نخستین جنبش مشروطه تنها رهنمود دادن در زمینههای شرعی بوده و پرداختن به مسایل سیاسی را به سیاستمداران واگذارده بود، اما با بروز دودستگی و اختلاف در میان مردم و تقسیم آنها به دستههایی چون مستبد و مشروطهخواه، شهید ثقهالاسلام به قصد برداشتن این چنددستگیها باری دیگر در سیاست دخالت کرد و کوشید تا کارها را به اصلاح آورد…
وی که به درستی میدانست سررشته همه این نفاقها در دست بیگانگان است با بردباری و متانت میکوشید تا چشم مردم را به حقایق باز کند و آنها را برای ایستادن در برابر بیگانگان متحد سازد.
وی خود میگفت: «من با آن همه عقیدهای که بعضی مردم در حق بنده دارند صریح عرض میکنم که دولت و ملت در قید اسارت خارجه خواهند رفت، مرا این درد میکشد و احدی بر من رحم نمیکند، آخر مسلمانان چرا تغافل از عاقبت کار خود دارید؟». (دایرهالمعارف تشیع، ج ۵، صص ۲۱۸ ـ ۲۱۹)