با وجود پيروزي مشروطه، هنوز اوضاع و احوال كشور به حالت عادي برنگشته بود و قضيه انتخاباتِ وكلاي دوره اول مجلس نيز جنب و جوشي ديگر در شهرهاي مهم به ويژه تهران و تبريز به وجود آورده بود.
اگرچه در دوره اول مجلس شوراي ملي به هنگام رأيگيري براي انتخاب نمايندگان، ثقةالاسلام بيشترين رأي را در ميان علما به دست آورد (مجلس ملي، جريد ملي، ش 8، ص 1) و به نمايندگي و هم به عنوان نماينده انجمن تبريز انتخاب گرديد اما هيچ كدام را نپذيرفت و نماينده ديگري به تهران فرستاده شد. (جورابچي، ص 41؛ مجلس ملي، جرايد ملي، ش 19، ص 1) وي در جواب اصرار اكثريت آراء براي قبول نمايندگي در «مجملالحوادث» مينويسد: «… من صريح گفتم، آقايان هم بشنويد، من نخواهم رفت، اسم مرا عبث ننويسيد».
البته قبول نكردن و امتناع از نمايندگي مجلس دليلِ كنارهگيري و بيتفاوتي وي به انقلاب مشروطه نيست، چون در تمام آن روزهاي سرنوشتساز وكلاي آذربايجان دايماً با وي در تماس بودند و كارهاي خود و مجلس و آنچه را در عالم سياست ميگذشت،دقيقاً به اطلاع او ميرساندند. با انتخاب نمايندگان و رفتن آنها در 23 ذيقعده به تهران، خبر درگذشت مظفرالدينشاه و جلوس محمدعليشاه در 1324 ذيقعده به گوش تبريزيان رسید و آنها با آنكه وكلاي آذربايجان را به تهران فرستاده بودند اما در برابر محمدعليشاه ـ كه تبريزيها او را دشمن درجه يك مشروطه ميدانستند ـ حريفي پرزور و كارآمد چون ثقةالاسلام ميخواستند لذا از وي خواستند تا به عنوان پشتوانه روانه تهران شود.