آن گونه که از یادداشتها و نامههای شهید ثقهالاسلام برمیآید گویا برای تجدید حکومت ملی قرار بود جمعی از مردم و مجاهدان آذربایجان و خراسان و اصفهان و گیلان به اتفاق نمایندگان حوزه علمیه نجف همگی به تهران بروند و برای اعاده مشروطیت اقدامهای لازم را انجام بدهند اما با اعطای مشروطه از طرف شاه چنین تصمیمی عملی نشد (فتحی ـ ص ۴۶۶) و چون هدف انگلیسیها خلع محمدعلیشاه از سلطنت بود، سردار اسعد و سپهدار را به تصرف تهران وادار کردند. شهید ثقهالاسلام خلع محمدعلیشاه را در آن اوضاع،که کشور در اشغال بیگانگان نیازمند امنیت و استقلال بود، به صلاح نمیدانست چون میدانست سقوط شاه باعث از هم پاشیدن اوضاع داخلی و مداخله هر چه بیشتر کشورهای بیگانه میگردد.
وی عزل شاه را به مصلحت کشور نمیدید و تمام این نقشهها را دسیسه انگلیس میدانست،لذا مینویسد: «بعد از استخلاص تبریز و اعاده مشروطه آیا سبب چه شد که سپهدار و سردار اسعد حرکت کردند و آیا علتی غیر از تحریک انگلیس چیز دیگری داشت». (همان ، ص ۴۶۶)
سرداراسعد که بعد از اعطای مشروطیت به اروپا رفته بود در لندن با جمعیت مشروطهخواهان در موقع خودسری محمدعلیمیرزا تشریک مساعی میکرد. پس از فتح اصفهان و قزوین از اروپا به ایران مراجعت کرده و در میان ایل بختیاری به فعالیت پرداخت تا آنکه به تحریک انگلیسیها در اول جمادیالثانی ۱۳۲۷ با هزار نفر بختیاری از اصفهان به عزم تسخیر تهران حرکت کرد و به تهران رسید. جنگ سه روز ادامه داشت، اما چون محمدعلیشاه در این مدت جنگ را علیه خود دید به ناچار در ۲۷ جمادیالثانی ۱۳۲۷ دست از تاج و تخت برداشت و پس از دو سال مخالفت با ملت و ریختن خون هزاران مردم بیگناه با خواری و زبونی بدون هیچ پشتوانه مردمی به سفارت روس در «زرگنده» پناهنده شد.
با پناهنده شدن محمدعلیمیرزا به سفارت روس، رجال و آزادیخواهان به همراه علمای اعلام به عزل وی از سلطنت رأی دادند و پسرش احمد میرزای جوان را به سلطنت برگزیدند.
شهید ثقهالاسلام عزل محمدعلیشاه را بهانهای برای آشوب دوباره و ماندن میهمانان ناخوانده روس در کشور میدانست و این نگرانی در اغلب نامههایش منعکس شده است. ازجمله مینویسد: «دولت روس و انگلیس هر کدام به اقتضایی دخالت در مشروطه ایران کردند: دولت انگلیس در این ضمن باید راه هند را مسدود نماید و منافع پولتیکی خود را محفوظ دارد، دولت روس هم برای حفظ استقلال خود و محافظت قفقاز سعی وافی دارد. دولت عثمانی از آن طرف بهانه برای مداخله میتراشد و از این مقدمات خطرات حتمی متوجه آذربایجان است…». (زندگینامه ثقـهالاسلام، ص ۴۶۶)
از مفاد این نامههای به یادگار مانده، به روشنی دریابیم که شهید ثقهالاسلام با تمام جان و دل در راه استقلال و اتحاد مردم کشور، از هر راهی وارد میشد و به هیچ دولت بیگانهای اعتماد نداشت و دایماً در فکر اصلاح بود و حتی در نامهای به علمای نجف، همان گونه که اشاره شد، ضمن توضیح اوضاع داخلی مملکت مداخله قشون روس، فقدان قشون ملی و ضعف کارشناسان نظامی را از علل ضعف و مداخله بیگانگان برشمرد و تنها راه چاره را مصالحه با دولت و اعتماد نکردن به سیاست دو دولت همسایه اعلام کرد و خواستار فرستادن «هیئت مصلحه» به تهران برای حل مشکلات شد. (علی ثقهالاسلام تبریزی، ۱۳۵۵، صص ۲۹۶ ـ ۲۹۷؛ فتحی، صص ۴۶۶ ـ ۴۶۸)
اما متأسفانه این تدابیر به کار گرفته نشد و محمدعلیشاه در چاهی که خود به تحریک بیگانگان برای ملت کنده بود افتاد و از سلطنت خلع گردید و پسر ۱۳ ساله وی «احمدمیرزا» به جای وی نشست و به دلیل خردسال بودن شاه جدید، نیابت سلطنت به عضدالملک رئیس ایل قاجار سپرده شد. (ملکزاده، ۳۳۵، صص ۸۴ ـ ۹۸)