بعد از رفتن ستارخان و باقرخان از تبریز، اوضاع آن گونه که مخبرالسلطنه به مردم وعده داده بود نشد و او برخلاف قول و عقیده خود طریق استبداد پیش گرفت و خود را به مقررات اداری مقدم میداشت (قیام آذربایجان و ستارخان، ص ۵۶۳) در این دوران زندهنام ثقهالاسلام تحت فشار و طعنه بسیار بود. مخالفان مشروطه او را محرک و همهکاره مشروطه میدانستند و دموکراتهای تندرو که ثقهالاسلام از آنها انتقاد میکرد، با او مخالفت و از او بدگویی میکردند. (کسروی، ص ۳۱۶) به علاوه متدینّان با دستاویز قرار دادن عقاید شیخیاش او را طعن و بر ضد او شبنامه منتشر میکردند. (علی ثقهالاسلام تبریزی، ۱۳۷۸ ش، صص ۳۰۴ ـ ۳۱۷) برخی عوام نیز از رفتار متجددانه او انتقاد میکردند. (فتحی ـ ص ۹۵) به رغم تمام این مخالفتها شهید ثقهالاسلام تلاش میکرد تا مانع درگیر شدن مردم با یکدیگر شود. (علی ثقهالاسلام تبریزی، ۱۳۷۸ ش، صص ۱۲۵ ـ ۱۳۰) و برای اینکه مخبرالسلطنه را متوجه حساسیت منطقه و مسئولیت سنگین او سازد طی نامهای دوباره به او مینویسد: «وضع آذربایجان را از دور شنیدهاید و در حقیقت دستی از دور بر آتش دارید، گرفتاری و پریشانی اهل شهر از مالک و تاجر و کسبه و نوکر باب محتاج به شرح و بیان نیست. خاطر محترم مسبوق است که غالب نوکر کشوری و لشکری چشمشان به جزیی وظیفه بود که هم معاشِ تمام اهل و عیال آنها منحصر به آن وجه بود. در عرض دو سال سابق بالمره دست خالی مانده و بابت سنه ماضیه اغلب برات نیز صادر نشده و همه سرگردان و مات و مبهوت هستند، این حال دستی بگیر است، اما حال دستی بده آنچه پارسال است هم محلات زیر دست و پای چپاولچیان و تاخت و تاز سوارههای مختلف بود. از ماکو تا قافلانکوه طولاً و از قرهداغ تا ساوجبلاغ عرضاً جایی نمانده که سم اسبی نرسد و گردش را به آسمان نرساند.
اردبیل و مشکین و خلخال… سراب، گرمرود… ساوجبلاغ… دچار کشاکشها و منازعات داخلی و خارجی است…
مقصود از عرض این مقدمات این است که آذربایجان کلیه محتاج به تضعیف و اعانت است و باید اسباب آبادی آن فراهم آورد و از ممالک و رعیت دستگیری که در تمام دهات که حیله آبادی افتاده و دواب و اغنام و احشامشان به غارت رفته، لااقل باید طوری بشود که کاری به دست آرند و مشغول زراعت بشوند.
حضرتعالی که مأمور آذربایجان شدهاید، خوب است که تأملی در این موارد فرموده و با احتیاط کامله بر اطرف کار اقدامات شایانی فرمایید، که اسباب نیکنامی ابدالدهر برای حضرتعالی فراهم آید. مجملاً حالا وقتی است که کمر همت بر ترضیه حال عباد و بلاد بسته، این مشتی مخلوق فلکزده خانهخراب را آسوده فرمایید. تکلیف نوعخواهی و وطندوستی همین است که عرض کردم و خدا را شکر میکنم که حضرتعالی که در حقیقت از خیرخواهان مملکت و مقبولالقول و مسموعالکلمه و واقف بر درد و مطلع از دوا هستید بر عمل مالیات مأمور شدهاند انشاءاللـه به اقتضای ضرورت آنچه لازم است سعی خواهند فرمود… علی». (مجموعه آثار قلمی، صص ۳۰۹ ـ ۳۱۱)
مخبرالسلطنه نهتنها به نصیحتهای مشفقانه، ثقهالاسلام اهمیتی نداد بلکه در مقابل توطئه قتل ثقهالاسلام توسط حزب دموکرات، سکوت کرد. چون مخبرالسلطنه برای تشکیلات حزب دموکرات بسیار تلاش میکرد اما از آنجایی که جمعی از سران دموکرات با انگلیسیها سر و سری داشتند،لذا شهید ثقهالاسلام اعمال دموکراتها را نمیپسندید و آنها را به سختی تخطئه میکرد و با اعمال افراطی آنها مخالف بود. با اوج گرفتن مخالفتهای ثقهالاسلام با دموکراتها و نقش تأثیرگذار خطابههای او در عدم اقبال مردم به حزب، سران دموکرات درصدد نابودی وی برآمدند و ابتدا ثقهالاسلام را هوادار روس خواندند و سپس رجب سرابی نامی را که به دستور سران دموکرات در تهران مرحوم آیتاللـه بهبهانی را هم ترور کرده بود، مأمور قتل ثقهالاسلام کردند. اما از آنجایی که تقدیر خداوند این بود که این روحانی اسلامخواه در مقتلگاه عاشورا به شهادت برسد رجب سرابی دست به این جنایت نزد و جریان را خود شخصاً به ثقهالاسلام اطلاع داد و ماجرا ختم به خیر شد. (زندگینامه ثقـهالاسلام، ص ۵۰۳)
در واقع باید گفت زندهنام ثقهالاسلام در عرصه سیاست و اجتماع درایت و هوشمندی خاصی داشت و به اوضاع جامعه خود کاملاً واقف بود، لذا حضور حزب دموکرات را برای وحدت و استقلال کشور مضر میدانست و مردم را از عضو شدن در آن نهی میکرد. وی از آنجا که هنوز جامعه ناآگاه ایران را آماده پذیرش و تشکیل احزاب نمیدانست خطاب به دیگر احزاب نیز که هر روز چون قارچ سر از خاک بیرون میآوردند میگفت: «در کشوری که مردم عموماً از حقوق و وظایف اجتماعی خویش بیخبرند و حتی سواد ندارند و محض ترس یا طمع یا از روی سادگی و خوشباوری به جمعیتهای سیاسی احزاب روی میآورند، تشکیل حزب ملی امکانپذیر نیست. حزب غیرملی هم مانند دمکراتها خود مانع و رادعی برای حقوق اجتماعی مردم ایجاد مینماید و سبب تفرقه و اخلال میشود». (زندگینامه ثقـهالاسلام، ص ۵۰۵)