سرتاسر آذربایجان در آشوب و فتنه میسوخت و هنوز با وجود رادمردان بزرگی چون ثقـهالاسلام، آرامش و امنیت در سایه استقرار مشروطه به وجود نیامده بود که بهانه دیگری برای تفرقه و نفاق پدید آمد و آن تأسیس انجمن اسلامیه بود.
کسروی در تاریخ مشروطه مینویسد: «… از روزی که حاجیمیرزا حسن مجتهد و دیگران با مشروطه دشمنی نمودند انبوهی از مردم شهر نیز پیروی از آنان کرده و از مشروطه روی گردانیدند و کمکم کینه آن را در دل گرفتند و زبان به بدگویی گشادند. اینان عنوانی جز اینکه مشروطهخواهان «لامذهباند» نمیداشتند و هر رفتاری را که از آنان میدیدند راست و دروغ دلیل «لامذهبی» ایشان میگرفتند و چون در این میان مشروطهخواهان نیز روز به روز از دین دلسرد گردیده و بیپروایی مینمودند از اینرو رفته رفته به شمار بدخواهان مشروطه میافزود تا آنجا که یک اختلاف و دوتیرگی پدیدار گردید».
این اختلاف و شعلهور شدن کینههای قدیمی که بر اثر تدابیر عاقلانه شهید ثقهالاسلام از بین رفته بود با تأسیس انجمن اسلامیه دوباره شروع شد و بسیاری از مردم به نام هواداری از دین پدر با پسر و برادر با برادر دشمنی مینمودند. ازبس در کویها و محلههای تبریز تفنگچیها، دانههای گلوله را به روی یکدیگر شلیک میکردند که کار از بدگویی و دلسردی به خونریزی کشیده شده بود». (برگرفته از تاریخ مشروطه کسروی، ج ۲، ص ۴۹۰)
به نظر میرسد تفرقهافکنی و دشمنی و کشاکش بین مشروطه و استبداد از نقشههای محمدعلیمیرزا برای برانداختن مجلس و مشروطه بود و چون از آذربایجان اندیشناک بود به جای اعمال زور به تدبیر پرداخت و بر قوت و قدرت مخالفان مشروطه به ویژه میرهاشم در شهر افزود تا در تبریز آشوب و نابسامانی باشد و آزادیخواهان سرگرم و گرفتار گردیده، نتوانند به تهران کمک برسانند، بنابراین وسایل مراجعت حاجیمیرزا حسن مجتهد را باطناً بدون آنکه در ظاهر اقداماتی کند فراهم آورد. (نقل آزاد از تاریخ مشروطه ص ۴۹۲؛ قیام آذربایجان و ستارخان، اسماعیل امیرخیزی)
مرحوم مجتهد بعد از رفتن به مجلس شورای ملی به تبریز بازگشت و در محفل انجمن که با حضور علما و محترمین شهر تشکیل شده بود گفت: «در مساعدت ملت با جان و مال حاضریم و بعد از این در رعایت مقام اسلامیت و فراهم آوردن موجبات حفظ حقوق ملت همه نوع همراهی و تقویت خواهیم نمود…» ثقهالاسلام در نامهای در رابطه با این سخنان مجتهد مینویسد: «به هر حال عجالتاً که خیلی خوب است و همت ما مصروف است که حضرت مجتهد حمایت شود و طرفدار مشروطیت قلم داده شود».
اگرچه چندی از گذشته صرفنظر شد و اتفاق و اتحاد بر آشوبِ تبریز غلبه کرد اما طوفانی در راه بود چون هنوز در میان مشروطهخواهان پارهای از اشخاص موقعنشناس و بیتدبیر وجود داشتند که با حرکات و رفتار و با نوشتههای خود مخالفان را که در رأس آنها محمدعلیمیرزا بود، تحریک میکردند و برخی از علما نیز هنوز مشروطه را خلاف شرع میدانستند و برای برانداختن اساس مشروطه تحریض و ترغیب مینمودند. بنابراین اگرچه اوضاع به ظاهر چندی آرام شد، ولی مردمان دوراندیش حدس زده بودند که شاه هنوز با ملت سر جنگ دارد و منتظر عاقبت امر بودند». (نقل آزاد از مجموعه آثار قلمی؛ صص ۷۱ ـ ۷۲؛ حاجاسماعیل امیرخیزی، قیام آذربایجان و ستارخان، صص ۵۴ ـ ۵۶)
مرحوم مجتهد اگرچه چندی با علمای مشروطهخواه اتفاق و همراهی نمود اما در هنگامه سخت مشروطه، دوباره عهد خود را شکست. او در فرصت مناسب درباره ناسازگاری مشروطه با اسلام به سخنرانی پرداخت و اعلام کرد که اکنون شاه به کندن بنیاد آن برخاسته، ما نیز به یاری شاه برمیخیزم و تلگرافی برایش میفرستیم. علمای حاضر در مجلس که خود دشمنان مشروطه بودند این پیشنهاد را با خوشرویی پذیرفتند و تلگرافی نوشته شد که همگی آن را امضاء کردند. (کسروی، تاریخ مشروطه، ج ۲، ص ۶۲۶)