آن گونه كه از يادداشتها و نامههاي شهيد ثقةالاسلام برميآيد گويا براي تجديد حكومت ملي قرار بود جمعي از مردم و مجاهدان آذربايجان و خراسان و اصفهان و گيلان به اتفاق نمايندگان حوزه علميه نجف همگي به تهران بروند و براي اعاده مشروطيت اقدامهاي لازم را انجام بدهند اما با اعطاي مشروطه از طرف شاه چنين تصميمي عملي نشد (فتحي ـ ص 466) و چون هدف انگليسيها خلع محمدعليشاه از سلطنت بود، سردار اسعد و سپهدار را به تصرف تهران وادار كردند. شهيد ثقةالاسلام خلع محمدعليشاه را در آن اوضاع،كه كشور در اشغال بيگانگان نيازمند امنيت و استقلال بود، به صلاح نميدانست چون ميدانست سقوط شاه باعث از هم پاشيدن اوضاع داخلي و مداخله هر چه بيشتر كشورهاي بيگانه ميگردد.
وي عزل شاه را به مصلحت كشور نميدید و تمام اين نقشهها را دسيسه انگليس میدانست،لذا مينويسد: «بعد از استخلاص تبريز و اعاده مشروطه آيا سبب چه شد كه سپهدار و سردار اسعد حركت كردند و آيا علتي غير از تحريك انگليس چيز ديگري داشت». (همان ، ص 466)
سرداراسعد كه بعد از اعطاي مشروطيت به اروپا رفته بود در لندن با جمعيت مشروطهخواهان در موقع خودسري محمدعليميرزا تشريك مساعي ميكرد. پس از فتح اصفهان و قزوين از اروپا به ايران مراجعت كرده و در ميان ايل بختياري به فعاليت پرداخت تا آنكه به تحريك انگليسيها در اول جماديالثاني 1327 با هزار نفر بختياري از اصفهان به عزم تسخير تهران حركت كرد و به تهران رسيد. جنگ سه روز ادامه داشت، اما چون محمدعليشاه در اين مدت جنگ را عليه خود ديد به ناچار در 27 جماديالثاني 1327 دست از تاج و تخت برداشت و پس از دو سال مخالفت با ملت و ريختن خون هزاران مردم بيگناه با خواري و زبوني بدون هيچ پشتوانه مردمي به سفارت روس در «زرگنده» پناهنده شد.
با پناهنده شدن محمدعليميرزا به سفارت روس، رجال و آزاديخواهان به همراه علماي اعلام به عزل وي از سلطنت رأي دادند و پسرش احمد ميرزاي جوان را به سلطنت برگزيدند.
شهيد ثقةالاسلام عزل محمدعليشاه را بهانهاي براي آشوب دوباره و ماندن ميهمانان ناخوانده روس در كشور ميدانست و اين نگراني در اغلب نامههايش منعكس شده است. ازجمله مينويسد: «دولت روس و انگليس هر كدام به اقتضايي دخالت در مشروطه ايران كردند: دولت انگليس در اين ضمن بايد راه هند را مسدود نمايد و منافع پولتيكي خود را محفوظ دارد، دولت روس هم براي حفظ استقلال خود و محافظت قفقاز سعي وافي دارد. دولت عثماني از آن طرف بهانه براي مداخله ميتراشد و از اين مقدمات خطرات حتمي متوجه آذربايجان است…». (زندگينامه ثقـةالاسلام، ص 466)
از مفاد اين نامههاي به يادگار مانده، به روشني دريابيم كه شهيد ثقةالاسلام با تمام جان و دل در راه استقلال و اتحاد مردم كشور، از هر راهي وارد ميشد و به هيچ دولت بيگانهاي اعتماد نداشت و دايماً در فكر اصلاح بود و حتي در نامهاي به علماي نجف، همان گونه كه اشاره شد، ضمن توضيح اوضاع داخلي مملكت مداخله قشون روس، فقدان قشون ملي و ضعف كارشناسان نظامي را از علل ضعف و مداخله بيگانگان برشمرد و تنها راه چاره را مصالحه با دولت و اعتماد نكردن به سياست دو دولت همسايه اعلام كرد و خواستار فرستادن «هيئت مصلحه» به تهران براي حل مشكلات شد. (علي ثقةالاسلام تبريزي، 1355، صص 296 ـ 297؛ فتحي، صص 466 ـ 468)
اما متأسفانه اين تدابير به كار گرفته نشد و محمدعليشاه در چاهي كه خود به تحريك بيگانگان براي ملت كنده بود افتاد و از سلطنت خلع گرديد و پسر 13 ساله وي «احمدميرزا» به جاي وي نشست و به دليل خردسال بودن شاه جديد، نيابت سلطنت به عضدالملك رئيس ايل قاجار سپرده شد. (ملكزاده، 335، صص 84 ـ 98)