با وجود دلبستگي زندهنام ثقةالاسلام به مشروطه، وي از منتقدان جدي آن نيز به شمار ميرفت و كتابچهاي درباره خيانتهاي مشروطهطلبان نوشت (علي ثقةالاسلام تبريزي، 1355 ش، صص 247 آ 254؛ كسروي، ص 216) رفتارهاي خام و نسنجيده و افراطكاريهاي برخي از مشروطهخواهان در تدوين قانون اسلامي باعث شد كه حاجيميرزا حسن مجتهد و برخي از نمايندگان انجمن ايالتي كه از حاميان مشروطه بودند، علناً با مشروطه مخالفت كنند و سرانجام با تحريك عوامالناس حاجميرزاحسن آقا مجتهد تبريزي را از شهر تبعيد كنند.
علماي آذربايجان در اين مقطع نهتنها تدوين قانون اساسي را ضروري نميدانستند بلكه خواهان اجراي قانون الهي بودند كه متروك مانده بود.
در واقع روشنفكران مشروطهخواه با سنتستيزي و توهين و افترا به دين و مذهب مردم، رفته رفته در ميان مبارزان و هواخواهان مشروطه اختلاف و دودستگي انداختند به گونهاي كه بسياري از مردم و روحانيون در مراحل بعدي پيشرفت انقلاب مشروطه، به كلي از ادامه مبارزه و حمايت از مشروطه دلزده و نااميد شدند. زيرا اين حركت در نظر علما و مردم، جنبشي اسلامي و مذهبي بود كه در ابتدا براساس انديشه عدالتخواهي ديني شكل گرفته بود و حال بعد از پيروزي نهضت، عدهاي از مشروطهخواهان كه تحت تأثير انديشههاي سوسيال دمكراسي قفقازيه و روسيه بودند و مشروطيت با مذهب و به تبع آن متوليان مذهب تباين ذاتي داشت با بهانه آزادي درصدد تخريب دين و هويت اسلامي مردم بودند.
زندهنام ثقةالاسلام كه از ابتداي اين حركت آزاديخواهانه تمام حركات مشروطهخواهان را مدنظر قرار داده و به دقت نظارهگر قضايا بود با انتقاد از اين حركات نسنجيده و خيانتكارانه مينويسد: «حقيقتاً كاري كه آقايان پيش گرفتهاند بسيار بد است و كارهاي خلاف شرع خيلي اتفاق ميافتد، اگرچه راجع به مشروطيت نيست ولي مردم منزجر هستند و جاي ايراد و نكتهگيري است». (فتحي، مجموعه آثار قلمي شادروان ثقةالاسلام تبريزي ، صص 206 ـ 207)
در واقع ميان آنچه علماي ايران و در رأس آنان آيتالله نائيني (تولد 1267 ق) از كاركرد قانون اساسي قصد كردند با آنچه در يك نظام مشروطه غربي محقق است، تفاوت بنيادين وجود داشت. در نظر وي قانون اساسي به رسالهاي ميماند كه در چارچوب احكام شريعت قانون مربوط به ادارة دينمدارانة جامعه را دربرميگيرد. (انديشه سياسي شيخ فضلالله نوري، ص 26) استدلال علماي آذربايجان در مقابل اين اقدام، در آثار ثقةالاسلام نيز انعكاس يافته است: … اين است حال شريعت اسلاميه كه ما مسلمان آن را قانون الهي ميدانيم و كتابش را كتاب آسماني ميدانيم و غالب احكام سياسيه و معاملات آن با قوانين خارجه مطابق و عقل نيز، صحت آن را درك ميكند، پس چگونه خواهد بود حال قانوني كه به اتفاق جمعي آن را جمع كردهاند و بالبداهه آنچه موافق صرفه است مقبول بود، مابقي مبتذل خواهند ماند و شايد روزي برسد كه فقط اسمي از آن بماند و همان استبداد هزارساله را در شكل اوليه خود ادامه يابد. (مجموعه آثار قلمي، ص 405) ثقةالاسلام تبريزي فرجام اين گونه مشروطهخواهي را تداوم استبداد هزارساله پيشبيني ميكند، همان گونه كه رضاخان ميرپنج آن را به عينيت رسانيد. (مقاله ثقةالاسلام شهيد و مشروطيت، رحيم نيكبخت، مجله آموزه ص 319)
از خلال نامههاي برجايمانده از ثقةالاسلام ميتوان به نمونههاي بسياري از اين اختلافهاي اصولي مشروطهخواهان اسلامي و مشروطهخواهان طرفدار انديشههاي غربي اشاره كرد، ازجمله در نامهاي كه در سيزدهم رمضان سال 1324 به برادرش نوشته با تأسف از بروز اين وقايع مينويسد: «روز 12 رمضان اعلان منحوسي از انجمن [انجمن ايالتي آذربايجان] به ديوار چسباندهاند. حاصل اينكه، تا كي در مذاهب قديمه خواهيد بود و حرفهاي كهنه خواهيد شنيد و تا كي به مجلس و مسجد علما خواهيد رفت…» (نصرتاللـه فتحي، زندگينامه شهيد نيكنام ثقةالاسلام تبريزي، صص 115 ـ 166)
دينستيزي مشروطهخواهان به اين موارد ختم نميشود، وي در جاي ديگر مينويسد:« آقايان [مشروطهخواه] اختراعي كرده گفتند روز قربان مردم قرباني نكنند پول آن را به فقرا بدهند و در اولش مدايح نخوانند و در وصف انجمن بخوانند، اسباب هاي و هوي شد».
ثقـةالاسلام با هوشياري و درايت اسلامي نتيجة عملكرد اين گروه را چنين پيشبيني ميكند: «… كه هر دو در حقيقت اقدام و مقدمه بر ترك شريعت است». (مجموعه آثار قلمي شادروان ثقةالاسلام تبريزی، نصرتاللـه فتحي ، ص 187)
سنتستيزيها و اقدامات نسنجيده مشروطهخواهان چنان دل شهيد ثقةالاسلام را به درد ميآورد كه در يكي از نامههايش مينويسد:
«… خدا نيامرزد قاتلين مشروطه را كه از روز اول تيغ كين كشيدند و اين بيچاره را كشتند، بنده خيانتهاي مشروطهطلبان را كتابچه كرده و نوشتهام، اگر وقتي حوصله بشود كه چاپ شود خالي از فايده نيست؛ اما فايدهاش چيست؟!» (نامههاي تبريز از ثقةالاسلام به متشارالدوله، ايرج افشار، ص 343)
همانطور كه شهيد انديشمند ثقةالاسلام تذكر ميداد عاقبت دينستيزيها و خيانتهاي مشروطهطلبان باعث شد اغلب روحانيان و قشرهاي مختلف مردم ايران به چند دسته تقسيم شوند و اين جدايي تا پايان استبداد صغير و خلع يد محمدعليشاه از سلطنت و روي كار آمدن احمدشاه و حوادث بعدي، پيامدهاي ناگواري براي ملت ايران به وجود آورد.
اگرچه آغاز جنبش جريان عدالتخواهي بود اما رفتهرفته جريان مشروطهخواه كه از سوسيال دمكراسي متأثر بود، صحنه را از علما گرفت و آنان در مقابل اين پديده سه خطمشي اتخاذ كردند: گروهي چون آيتالله انگجي، آيتالله ميرزاصادقآقا و برخي ديگر، از دخالت در قضايا بيطرفي اختيار كردند و از مداخله در امور اجتناب نمودند. گروهي ديگر چون ميرزاحسن مجتهد و ميرهاشم دوهچي، انجمن اسلاميه تشكيل دادند و به مقابلة مسلحانه با مشروطه پرداختند. در ميان اين دو گروه تنها شخصيت منحصر به فردي كه صبورانه ميكوشيد مواضع تند و افراطي موافقان و مخالفان مشروطه را در چارچوب عقل و شرع تعديل كند شهيد ثقةالاسلام بود كه مصالح و منافع ايران و آذربايجان را مدنظر داشت. به عبارت ديگر بعضي علما و طبقات مردم چون ردپاي اجانب و حمايت عناصر بدنام و نامطلوب را در مشروطه آشكار ميديدند- كه به دين مبين اسلام و روحانيت كه پايهگذار مشروطيت بودند اهانت ميكردند- از ادامه حمايت از مشروطه دست كشيدند. بايد گفت بسياري از نويسندگان تاريخ مشروطه، اين گرو را بدخواه ملت دانستهاند در حالي كه اگر با انصاف و عدالت به دليل مخالفت آنها بنگريم بايد بگويم كه نويسندگان مشروطه نگفتهاند كه كار مشروطه به كجا كشيده بود؟!